La Base Naval de Rota, tras la auditoría anual con OCA Global ha renovado la certificación ISO 14001, de calidad en materia de gestión medioambiental.
De acuerdo a la Política medioambiental de la Armada, la Base Naval de Rota mantiene un esfuerzo constante en materia medioambiental, siguiendo la política del Ministerio de Defensa en materia de conservación y protección del medioambiente y basada en el concepto de desarrollo sostenible, velando por hacer compatible el desarrollo tecnológico con el respeto a la naturaleza y eficiencia en la gestión medioambiental.
Ejemplos de las acciones llevadas en la Base a cabo en este ámbito son; la prevención y lucha contra la contaminación del entorno mediante la puesta en marcha de medidas para minimizar los vertidos, implantación de planes para reducir el gasto de recursos naturales, control de contaminación atmosférica, la mejora de la eficiencia energética mediante la inversión en energías renovables y el control y evaluación de los diferentes impactos sobre la naturaleza de las diferentes actividades militares, desarrolladas en sus instalaciones.
Además en materia de protección de la fauna y flora existente en los terrenos de la Base, hay que significar los programas de protección de especies tales como el pato malvasía, la conservación de cetáceos, la protección de zonas de cría de el chorlitejo patinegro en sus playas, la protección del hábitat del camaleón (chamaleo chamaleon) residente habitual de nuestras instalaciones y objeto de especial atención desde 2010 en que se firmó el proyecto de colaboración con la Junta de Andalucía para la conservación y mejora de sus poblaciones y hábitats en el recinto de la base.